汇总:生物信息学常用在线、软件及下载链接

2022-01-24 00:49:02 来源:
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一、海洋生物电子邮件学相关的资料库核心内容1、蛋白质资料库

NCBI []

NCBI (National Center for Biotechnology Information)是指美国国立海洋生物技术电子邮件中的心

EMBL []

东欧分子海洋生物学科学研究室EMBL(The European Molecular Biology Laboratory)

DDBJ []

DDBJ(DNA Data Bank of Japan),于1984年建立,是当今世界三大DNA 资料库之一,与NCBI的GenBank,EMBL的EBI资料库共同完成都由国际性DNA资料库

CNGB []

华南地区东欧国家资料库(China National GeneBank)位处深圳大鹏新的区,是紧接当今世界三大资料库之后的全球性第四大东欧国家级资料库。它是华南地区首个,也是唯一一个东欧国家突变库,比起全球性另外三个突变库而言,东欧国家突变库样品保存的规模、存储量和可出访的数据量之外是全球性仅次于。

BIGD []

华南地区东欧国家突变序列科学数据中的心 精神上与健康大数据中的心 (National Genomics Data Center BIG Data Center)

2、非编码器RNA资料库(1).非编码器小RNA资料库

miRBase []

piRNAbank []

piRNAbank []

SILVA []

(2).长非编码器RNA资料库:

LncRNAdb []

真核细胞海洋生物

LncRNAwiki [_Page]

人类长非编码器RNA资料库

(3).非编码器RNA堂兄弟资料库

Rfam[]

类似于Pfam的RNA堂兄弟评注资料库

(4).非编码器RNA碱基资料库RNAcentral [ ]3、复合物质资料库(1).复合物质电子邮件

Human protein atlas [ ]

人体复合物在细胞核、一个组织、病理条件下的解读

(2).复合物碱基资料库

Pfam []

Pfam是复合物质堂兄弟的资料库,包括使用隐给定模型降解的评注和多碱基核对。

SwissProt []

手动评注的非数据流复合物碱基资料库

UniProt [ ]

PIR []

Antibodies []

BRENDA [ ]

HPRD []

InterPro []

通过整合多个复合物相关资料库,备有了一个方便的对复合物碱基透过功用评注的游戏平台,包括对复合物质堂兄弟、构件域、功用位点的假设

iProClass []

PRF []

REBASE []

(3).复合物质构件资料库

PDB []

通过科学研究测定的构件

SCOP []

CATH []

PSI []

(4).复合物组资料库PRIDE [](5).复合物质功用域资料库

PROSITE []

最全面

Pfam []

最工程技术

ProDom []

CCD []

Prints []

SMART [ ]

TIGRFAM []

(6).复合物互作资料库

STRING []

DIP []

科学研究实验者的复合物强子资料库

BioGRID [] :

IntAct [ ]

4、葡萄糖资料库

MapMan:一个图形界面的葡萄糖捷径提示和总编辑插件

(1).葡萄糖捷径资料库

KEGG []

GO []

NCBI BioSystems []

IMP []

plantCyc []

MANET [ ]

MetaNetX [ ]

(2).葡萄糖组学常用资料库

MataboLights []

HMDB []

YMDB []

ECMDB []

(3).表型资料库

Planteome []

dbGaP []

IPPN []

5、碱基核对(1).碱基与资料库核对Blast [](2).多碱基间核对Clustal(3).碱基进化树核对MEGA6、突变核对(1).突变电子邮件

GeneCard []

Gene Wiki[_Wiki ]

(2).突变评注

Blast []

Interproscan [],

WEGO []

KAAS []

(3).突变功用假设:

FGENESH []

AUGUSTUS [ ]

GENESCAN []

GeneMark []

Glimmer []

(4).突变构件假设

Exon-Intron Graphic Maker []

根据候选突变的内含子和原核海洋生物等电子邮件所画突变构件

Blastp [_TYPE=BlastSearchCompanyLINK_LOC=blasthome]

可在线给予复合物构件域的评注和前面电子邮件

(5).同源突变核对OrthoDB是直系同源物的综合目录[](6).亚细胞核取向假设PSORT Prediction [](7).启动子核对Plantcare [](8).依赖性目的突变的miRNA假设psRNAtarget [](9).解读核对

ArrayExpress [ ]

数据来自EMBL的生物技术功用突变序列学科学研究的数据;

BAR []

在核对突变功用时,一般而言会参看突变的解读种系统,即突变在真菌相同一个组织相同发育时期的解读核素变化。通过在线核对comBAR对候突变透过解读核对。 是一个真菌生信核对资源com,用该com核对突变解读时,不仅可以获突变解读种系统的热图,还可以获仿真的电子荧光图片,直观呈现突变在真菌一个组织中的的解读前面。

(10).突变构件所画

GSDS []

Gene Structure Display Server,基于突变序列评注文件所画碱基突变构件等功用

7、复合物质核对(1).复合物二级三级构件假设及绘图CFSSP []SOPMA [_automat.pl?page=npsa_sopma.html]PredictProtein []SWISS-MODEL [](2).复合物物理性质核对

ProtParam []

复合物物理性质核对是指复合物的一些物理和化学匹配,如相对分子质量、等电点、和原子都由、消光系数、半衰、不稳定系数、三酸甘油酯族比率、亲水底。这些匹配,并能透过复合物的相关异种科学研究。比如在体外经济制度(大肠杆孢子、酵母等)解读和纯化目的复合物时,需要再考虑复合物的相对分子质量、等电点、消光系数、不稳定系数和亲水底等。在蛋白活科学研究中的,也需要根据这些匹配优化科学研究经济制度。

(3).复合物辈水底核对

Protscale []

复合物的辈水底主要由其侧碱基自由基R,如果R只是H或是C、H两表达方式都由的话,都是上言水的,如果含有水溶性侧碱基自由基,如-OH、-SH、-COOH、-NH2 等,则就是水溶性的(亲水的)。上言水底有过氧化物、赖氨酸、苯丝氨酸、缬草、亮氨酸、异亮氨酸、丝氨酸和羧酸(半胱氨酸)。上言水底在复合物质内部,在保有复合物质的三级构件上,蛋白和细胞内、抗体和抗原间的强子等各种非共价键的分子转化各个方面,有着最主要发挥作用。

(4).串连表皮构件核对

TMHMM []

复合物的串连表皮构件核对对于假设复合物的亚细胞核取向密切相关。如果有着串连表皮构件,复合物很似乎取向处细胞核中的与表皮相关的构件,如细胞核质表皮、叶绿体表皮或线粒体表皮等内表皮系统设计。此外,复合物串连表皮构件核对对于复合物功用核对也有一定的帮助。比如某复合物没有串连表皮构件,但是亚细胞核取向科学研究显示其可取向处表皮相关构件,这指明该复合物似乎通过其他表皮取向复合物招揽过去的。

(5).路径肽核对

SignalP []

岩路径前面为路径肽切割点,岩在此之前的碱基为路径肽

路径肽是指借助于新的小分子的复合物质向黏液通路分散的较短肽碱基,常位处复合物的N-顶端,负责管理把复合物质借助于到相同表皮构件的亚细胞核器内。编码器黏液复合物的mRNA在翻译者时首先小分子N顶端的路径肽,它被路径肽识别复合物(SRP)所识别,SRP将RNA携带至RNA上,RNA表皮上的 SPR 受体识别并与之转化。新的小分子复合物在路径肽借助于下到达RNA内腔,而路径肽则在路径肽蛋白的发挥作用下被切除。由于它的借助于,大一的就能够通过RNA表皮进入腔内,终究被黏液到胞外。在病原体孢子中的解读捷径复合物时,可用路径肽借助于捷径复合物取向黏液到胞外,进一步提高复合物可溶性,在原核解读系统设计(大肠杆孢子、芽孢杆孢子等)和真核细胞解读系统设计(如毕赤酵母)中的均有广泛应用。

(6).激蛋白位点核对

NetPhos []

KinasePhos-2.0 []

复合物质激蛋白指由复合物质激蛋白催化的把 ATP 的葡萄糖基分散到底物复合物质残基(丝氨酸、苏氨酸、过氧化物)上的过程,或者在路径发挥作用下转化 GTP(一般而言以 GTP 摒弃 GDP),是海洋细菌内一种普通的调节方式则,在细胞核路径转导的过程中的起最主要发挥作用。在路径翻倍时通过获一个或几个葡萄糖财团而被激活,而在路径减弱时能去除这些财团,从而失去活性。有时某个路径复合物激蛋白一般而言引发上游的复合物分列发生激蛋白,形成激蛋白级联反应会。

二、海洋生物电子邮件学插件及下载客户端:

Clustal:

MEGA:

MAFFT:

Sequence Matrix:

PGDSpider:

DnaSP v6:

Arlequin:

MapMan:

PartitionFinder:

jModelTest:

IQ-TREE:

IQ-TREE在线:

RaxmlGUI:

Mrbayes 3.2.7:

PhyloSuite:

BEAST:

Figtree:

Tracer:

PopART:

Network:

Structure:

CLUMMP:

Distruct:

Migrate-N:

Phylonet: 或

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